Tujuan utama dikeluarkannya kebijakan otonomi daerah antara lain adalah membebaskan pemerintah pusat dari beban yang tidak perlu dalam menangani urusan daerah.Pada saat yang sama pemerintah pusat diharapkan lebih mampu berkonsentrasi pada perumusan kebijakan makro (luas atau yang bersifat umum dan mendasar) nasional yang bersifat strategis.Kemampuan prakarsa dan kretifitas pemerintah daerah akan terpacu,sehingga kemampuannya dalam mengatasi berbagai masalah yang terjadi di daerah akan semakin kuat.Adapun tujuan pemberian otonomi kepada daerah adalah sebagai berikut:
- Peningkatan pelayanan dan kesejahteraan masyarakat yang semakin baik.
- Pengembangan kehidupan demokrasi
- Keadilan.
- Pemerataan.
- Pemeliharaan hubungan yang serasi antara Pusat dan Daerah serta antar daerah dalam rangka keutuhan NKRI.
- Mendorong untuk memberdayakan masyarakat.
- Menumbuhkan prakarsa dan kreaifitas, meningkatkan peran serta masyarakat, mengembangkan peran dan fungsi DPR.